STIKES Graha Mandiri Cilacap mempunyai 13 ruang kuliah, dengan ketentuan luas 1,9 m2 per mahasiswa. Masing-masing ruang dengan rincian: 1 ruang berukuran 12 m x 12 m dengan kapasitas 77 mahasiswa, 6 ruang (masing-masing ruang berukuran 9 m x 8 m) dengan kapasitas 38 mahasiswa, 1 ruang berukuran 9 m x 7 m dengan kapasitas 34 mahasiswa, dan 5 ruang (masing-masing berukuran 9 m x 6 m) dengan kapasitas 29 mahasiswa .
Untuk memperlancar kegiatan pembelajaran di kelas, maka beberapa ruang telah dilengkapi dengan AC, Layar Proyektor, LCD Proyektor, White Board, meja dan kursi dosen, kursi mahasiswa, lampu, speaker, jam dinding, wastafel.
